Durant une dizaine d’années, Philippe Quesne est scénographe pour le théâtre, l’opéra et des expositions d’art contemporain. Il crée en 2003 la compagnie Vivarium Studio, composée d’acteurs·rices, de plasticien·ne·s et de musicien·ne·s et signe des spectacles comme auteur metteur en scène, dans lesquels la scénographie est envisagée comme un écosystème dans lequel il plonge ses interprètes. Ses pièces forment un répertoire qui tourne dans le monde entier. Citons : La Démangeaison des ailes (2003), Des Expériences (2004), D’après nature (2006), L’Effet de Serge (2007), La Mélancolie des dragons (2008), Big Bang (2010), Swamp Club (2013), etc.

En parallèle, il conçoit des performances, expose ses installations et publie quatre livrets sur les relations homme-nature. De 2014 à 2020, il dirige le CDN Nanterre-Amandiers, où il crée Le Théâtre des négociations (2015), La Nuit des taupes (2016) et invente avec les collaborateurs de Jean-Luc Godard le Parcours JLG Livre d’Image. En 2019, il remporte le prix du Pavillon Pays à la Quadriennale de Prague avec son installation Microcosm. Depuis début 2021, il réactive sa compagnie Vivarium Studio, avec laquelle il crée Le Chant de la Terre de Mahler avec le Klangforum de Vienne, puis une pièce de science-fiction Cosmic Drama au répertoire du Theater Basel et Fantasmagoria une pièce sans acteurs au Théâtre Vidy-Lausanne, trois créations invitées au Festival d’Automne 2022.