Christophe Rauck crée sa première compagnie en 1995 avec des comédiens rencontrés lors de ses années au Théâtre du Soleil. De 2003 à 2005, il est directeur du Théâtre du Peuple de Bussang, où il crée Le Dragon d’Evgueni Schwartz, La Vie de Galilée de Bertolt Brecht et Le Revizor de Nicolas Gogol. Par la suite, il met en scène Getting Attention de Martin Crimp, Le Mariage de Figaro de Beaumarchais à la Comédie-Française puis L’Araignée de l’Éternel, avant de diriger le TGP-centre dramatique national de Saint-Denis de 2008 à 2013. Il y créera Cœur ardentd’Alexandre Ostrovski, Têtes rondes et têtes pointues de Bertolt Brecht, Cassé de Rémi De Vos et Les Serments indiscrets de Marivaux (Grand prix du Syndicat de la critique). Pendant cette période, il monte également Phèdre de Racine et deux opéras de Monteverdi.

En 2014, il est nommé directeur du Théâtre du Nord et de l’école rattachée, l’École du Nord. Il met en scène trois textes de Rémi De Vos (Toute ma vie j’ai fait des choses que je ne savais pas faire, Ben oui mais enfin bon et Départ volontaire), Figaro divorce d’Odön von Horvath (Prix Georges-Lerminier du Syndicat de la critique : meilleur spectacle créé en province), Comme il vous plaira de Shakespeare et récemment, deux textes de Sara Stridsberg :La Faculté des rêves et Dissection d’une chute de neige. En 2017, il crée à Moscou Amphitryon de Molière, avec huit anciens disciples de Piotr Fomenko. Invité au Festival d’Avignon 2018 avec les jeunes acteurs sortant de la Promotion 5 de l’École du Nord, Christophe Rauck y présente Le Pays lointain (Un Arrangement) d’après Jean-Luc Lagarce.

Depuis janvier 2021, Christophe Rauck dirige le Théâtre Nanterre-Amandiers, centre dramatique national.